مسجد مدرسه علیقلی آقا در محله تاریخی بیدآباد اصفهان قرار دارد و از یادگارهای ارزشمند دوره شاه سلطان حسین صفوی به شمار می‌رود. این بنا بخشی از مجموعه بزرگ علیقلی آقا است که شامل مسجد، حمام، بازار و چهارسوق می‌شود و به همت یکی از خواجه‌سرایان نیکوکار دربار صفوی ساخته شد.